Peter Parker, un liceale emarginato orfano dei genitori, è cresciuto con gli zii Ben e Mary.
Mentre vive il primo amore per la compagna di scuola Gwen,  scopre una valigetta del padre che solleva in lui molti dubbi sulla morte dei genitori.
La ricerca della verità lo conduce fino al laboratorio del dottor Connors, ex socio del padre.

«Abbiamo visto l’origine di Spider-Man, ma non abbiamo visto quella di Peter Parker»: con questa filosofia il regista Marc Webb ha accettato la reinvenzione cinematografica dell’Uomo Ragno.
Infatti il film si apre su un Peter Parker ancora bambino, che assiste confuso alla misteriosa scomparsa dei propri genitori.
Orfano in cerca di se stesso, immerso in un ambiente scolastico e dotato di straordinari poteri, il nuovo Peter somiglia quasi a Harry Potter, non a caso tra gli sceneggiatori troviamo Steve Kloves.
The Amazing Spider-Man 3D è così in primo luogo un racconto di formazione e mantiene rispetto a Spider-Man di Raimi solo due snodi narrativi: il morso del ragno mutante e la morte dello zio Ben, raccontata però in modo piuttosto diverso.
Niente più J. Jonah Jameson e niente Mary Jane, sostituiti rispettivamente dal capitano di polizia George Stacy e da sua figlia Gwen, il primo antagonista e la seconda interesse romantico.
Spariscono anche le divertenti e metaforiche ragnatele organiche, in favore dei più tradizionali lanciaragnatele progettati da Peter ed emblema della sua maturazione intellettuale e scientifica.
Sebbene non manchi qualche battuta (esilarante quella che cita Godzilla), l’assenza di personaggi puramente comici come J.
J.J. rende tutto più dark e si assiste a numerose tragedie. Forse troppe, tanto che il lutto per la morte dello zio Ben è quasi sorvolato. Elemento salvifico è la storia d’amore, molto più riuscita di quella di Raimi, anche per merito di un casting questa volta perfetto, dai protagonisti ai comprimari Denis Leary, Martin Sheen e Sally Field.
Meno convincente il villain Lizard, la cui doppia personalità rimane un potenziale largamente irrealizzato.
Sul versante dell’azione, Webb, che arriva dalla commedia, se la cava con grazia e si avvale con intelligenza delle riprese in 3D, in particolare la corsa contro il tempo di Spider-Man verso la Oscorp Tower è da brividi e vale da sola più di tutta la stereoscopia di The Avengers 3D.
In linea con il Marvel Style cinematografico, The Amazing Spider-Man 3Dè il primo capitolo di una saga più lunga: rimangono irrisolte alcune linee narrative per i prossimi film e c’è l’ormai immancabile scena durante i titoli di coda che anticipa il sequel… già previsto per il 2014.